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在浙江省政府委员的任上，马寅初还着重抓了税制改革[ 本小节的撰写，参考了邓加荣：《我国经济学泰斗——马寅初》，北京：中国金融出版社，2006年，第49－53页。]。具体而言，便是改革税法，实行两税制。此事之行，也让马寅初备极苦闷与痛心。他后来无限伤感地对人说：“我在浙江，不，也可以说我一生之中做了两件最吃力而不讨好的事：一是禁烟，一是改革税制。”
过去的税法非常混乱，既不公平、公正，也没有一定之规。一方面是乱摊乱派，刁难苛罚；一方面是偷漏贿买，有产无捐。马寅初决定对此加以改革。他将全省的地方税统一改为田赋与营业税两种（两税制），“两税制者，所以使负担平均之税制也”。这样做，“于国家和**经济，均为有益。无税可以有税，增加国家赋税，于国家经济有益；小地变为大地，可以增加生产，于**经济有益”[ 马寅初：《浙江之两税制》，《马寅初全集》第四卷，杭州：浙江**出版社，1999年，第192页。]。1928年3月16日，在浙江省政府第九十一次会议上，还专门为此做出决议案：由马寅初任浙江省财政审查委员会主任负责监督税收，改革各项措施的贯彻执行。
在税制改革方面，因为大的税收项目已由财政部全部包揽过去，余下的仅是地方捐税，数目很小；而就是这些有限的税收项目，财政部还要不断地直接派员下去抢收截留，地方毫无一点抗争的能力。中央政府所设立的税收，则是榨取穷人、免除富人。因为怕有钱人反对，他们不敢创立公平合理的新税（如累进所得税等），这样就只能加大旧的捐税的征收率。用马寅初的话说，既然“不能办富人税”，就“只能在穷人身上着想”。在马寅初看来，这样做是与孙中山所提出的“民生主义”精神背道而驰的。其结果是，“公平合理之新税不能举办，而穷人税之煤油特税与盐觔加价等，反愈加愈重”。此外，又由于官吏腐败，自己无德无能去征税，就将征税承包出去。于是，穷人所纳之税，很大一部分落入承包商的口袋，只有很少一部分进入国库。马寅初对此痛心疾首，“此种丧心病狂之事，在昔日满清政府及军阀所不敢为者，而今已现于**之下，诚可谓每况愈下，令人为之痛哭也”！之所以如此，“其根本原因，至于吏治之不良，道德之堕落”。对症下药，教育或可奏效，“十年教育以后，或有希望”[ 本段引文，均出自马寅初《吾国编制预算之困难》一文（《马寅初全集》第四卷，杭州：浙江**出版社，1999年，第147－151页）。]。
正是抱着“教育救国”的理想和“十年教育以后，或有希望”的信心，马寅初辞去了浙江省政府委员之职，又重返教育战线，先后在浙江财务学校、上海商学院、上海交通大学、南京金陵大学和中央大学等校任教。
在浙江省政府任职期间，马寅初还有过另外一个壮举：抵制洋货[ 本小节的撰写，参考了李正宏、黄团元的《民族瑰宝马寅初》（武汉：湖北**出版社，2006年，第30－32页）。]。
在一次省政府委员会上，张静江问计于马寅初：如何发展浙江经济？马寅初说：浙江省要发展经济，必须重点发展民族工业；而要发展民族工业，必须抵制洋货。为什么这么说呢？马寅初举例做了说明。
先来看张謇[ 张謇（1853－1926），字季直，号啬庵，江苏南通人。中国近代著名的实业家、教育家，被称为“状元实业家”。]。张謇1894年中状元，授翰林院修撰。次年得张之洞、刘坤一的支持，在南通创办大生纱厂。后又举办通海垦牧公司、大达外江轮步公司、复新面粉公司、资生铁冶公司、淮海实业银行等企业，并投资苏省铁路公司、天生港轮步公司、镇江大照电灯厂等企业。1913年任袁世凯政府农商总长，1915年因不满袁世凯称帝而辞职南归，继续办理实业。所办实业最初经营顺利，盈利丰厚。但从1922年起开始亏损，到1925年共亏欠白银125万两，导致大生纱厂经营失败。1926年，张謇在“謇不幸而生中国，不幸而生今之时代，尤不幸而抱欲为中国扬眉、为书生吐气之志愿”的感叹中病逝。
再来看荣氏兄弟[ 荣宗敬（1873－1938），名宗锦。荣德生（1875－1952），名宗铨，号乐农，江苏无锡人。中国最大的民族资本家。]。荣宗敬、荣德生兄弟于1907年在无锡创办振新纱厂，1912年在上海创办福新面粉厂，1915年在在上海创办申新纱厂。兴盛时期，其茂新、福新、申新三家总公司拥有12个面粉厂和4个纺织厂，资本总额达1200万元以上，被人称为“棉纱大王”、“面粉大王”。
张謇为什么失败？荣氏兄弟为什么遭遇险境？中国的民族工业为什么在进入20年代后迅速萧条下去？马寅初接着做了分析。
第一，外资的进入。第一次世界大战结束后，日本及西方列强卷土重来，再度加紧了对中国的商品倾销和投资设厂。仅仅在1924年，中国进口商品的总值就较1913年增长了一倍，大大缩小了中国民族工业赖以发展的商品市场空间。
其次，中国的民族工业与与享有特权的外资企业所处地位是不平等的。以捐税为例，长期以来，中国工厂的产品要缴纳重重的厘金（过境税），而外商工厂的产品则只缴纳一道“子口税”即可通行全国。
接下来，马寅初就抵制洋货与发展民族工业又做了分析。
现在不允许外国人办厂是不可能的。我们只能采取抵制洋货的办法来支持和发展民族工业。一方面，抵制洋货能取到与保护关税同样的效果。中国是后进国，产品难以在外国插足，只能内销。而国内洋货充斥市场，海关又在外国人手里，中国产品的销售必须得到外国人的许可。只有抵制洋货，才能促销国货。另一方面，将抵制洋货与发展民族工业紧密联系在一起。在抵制洋货之时，可乘机发展民族工业。这样，既能达到保护民族工业的目的，又能迫使英、日对中国关税权的主动让步。在《中英日之经济关系》一文中，我就说过，“中国既不能在关税上实行保护，那么抵制自然是最好不过的办法”。
马寅初的发言得到了与会者的认可。于是，“抵制洋货，发展民族工业”成了浙江工作的重点。一时间，“抵制洋货”、“我用国货”的口号遍布浙江大地。
为了进一步振兴民族工业，马寅初在杭州策划举办了盛况空前的“西湖万国博览会”。“西湖万国博览会”开幕于1929年6月6日，闭幕于10月10日，前后历时四个多月。博览会期间，但凡浙江、乃至全中国的民族工业产品，都可在“西湖万国博览会”评奖。举凡产品有企图而需要扩大再生产的，主办者给予竭力支持。“西湖万国博览会”的举行，为国货大造了声势！
为了加快浙江的发展，马寅初又向张静江参议，成功地从洋人手里收回了“莫干山**”，创办了“江南汽车公司”和“淮南铁路公司”，还接办了“长兴煤矿”和“馒头山煤矿”，并且修建了杭州至江山的铁路。所有这些，既没有依赖外资，也没有依靠洋人，多数由浙江省自力兴办——浙江仅领公款10余万元，而支出和创造的价值高达5000多万元。
