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（二）修身治学，为国为民
在财政部任职期间，马寅初拜访了他的浙江同乡蔡元培[ 蔡元培（1868－1940），字鹤卿，号孑民，浙江绍兴人。著名的教育家、思想家，中国现代知识界的卓越前驱。]。马寅初曾经留学德国，同马寅初有许多共同观点。蔡元培的谈吐、学识和思想，马寅初很佩服；而马寅初的真挚、坦诚和对祖国的赤子之心，蔡元培很赏识。
蔡元培当时在北京大学教书，他建议马寅初也去北京大学教书育人，为国家培养新型的经济人才。听说马寅初要走，财政部官员出面挽留马寅初，并且暗示有意给马寅初任命一个官职。马寅初不为所动，但并没有马上离开财政部。1915年12月12日，袁世凯窃国称帝。正当有人对这位当年袁世凯签名派遣出国留学的洋博士观望猜测之时，马寅初竟然公开声明：支持孙中山，反对袁世凯！随后，马寅初便态度决绝地辞去了财政部的工作，并再次对外庄重宣示：“一不做官，二不发财，竭尽全力于教育救国之事业。”
1916年，马寅初进入北京大学，开始了他的执教生涯。
北京大学的前身是京师大学堂，创办于1898年。1912年，京师大学堂正式改名为北京大学，严复任校长。马寅初1916年到北京大学任教时，北京大学已有学生1600多名。
1916年12月，蔡元培被任命为北京大学校长（1917年1月正式就任）。在任职期间，蔡元培竭力提倡科学与民主，实行“教授治校”的制度，推行“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”的方针。蔡元培说：“我对于各家学说，依各国大学通例，循思想自由原则，兼容并包。无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听取他们自由发展。”[ 《蔡元培全集》第三卷，杭州：浙江教育出版社，1997年，第511页。]为此，蔡元培对北京大学进行了严肃认真的整顿和焕然一新的改革。
蔡元培改革北京大学的首要措施，就是改革教师队伍。一方面，他解聘了一批滥竽充数的不学无术的中国教授和外国教授；另一方面，则增聘了一批学有专长的年富力强的教授。为此，他是不拘一格地延纳人才，从而广泛地培养人才。诚如其所说，“广延积学与热心的教员，认真教授，以提起学生研究学问的兴会”。他首先从文科入手进行改革，聘请《新青年》主编陈独秀担任文科学长（相当于后来的院长），又聘请了李大钊、胡适、钱玄同、刘半农等人；一些博学多才、思想进步的新派人物，如鲁迅、周作人、马叙伦以及马寅初等，也被延聘至北京大学。蔡元培对教师队伍的改革，充实了教授阵容，加强了学术研究，促进了新文化运动的开展。
蔡元培在北京大学的种种整顿与改革，其实也凝聚着马寅初的智慧与心血。
马寅初于1916年进入北京大学时，是法科经济门[ 所谓“门”，相当于后来的“系”。]的专任教授。1917年11月3日，马寅初被选为北京大学编译会评议员。次年3月，马寅初被选为法科经济门研究所主任，兼经济、商学门主任。
1918年10月，根据蔡元培校长的倡议，北京大学首先倡办“教授评议会”，实行“教授治校”的方针。教授评议会是北京大学的最高权力机关，凡是学校的大事，都要经过评议会讨论决定。马寅初与沈尹默、胡适、陈大齐、杨敏曾、黄振声等一起，被推选为北京大学教授评议会的评议员。次年10月25日，北京大学教授评议会改选。参加竞选的共有六十八人，结果只有蒋梦麟、胡适、马寅初、马叙伦等十五人当选。
1919年春，出于改革和发展的需要，蔡元培决定在北京大学设教务长，并且在全校公开竞选。在竞选中，马寅初战胜了呼声很高的胡适。4月9日，马寅初成为北京大学首任教务长。在任北京大学教务长期间，马寅初贯彻蔡元培校长的整顿和改革的措施，废门改系、废科改院，全校共分三个院十四个系，使北京大学向新型综合性大学的方向转变。
马寅初在北京大学开设的课程，以应用经济学为主，并一直将讲课的重点放在经济学的应用方面。他先后主讲的课程，有银行学、货币学、财政学、保险学、交易所论、汇兑论等课程。虽然马寅初说话带有浙江口音，但他的讲课内容新颖，深入浅出，生动活泼，并且往往联系实际，很有启发性，所以深受学生的欢迎。
不管是在学习上，还是在生活中，马寅初都很关爱学生，尤其关心学生的成长。
1917年11月25日，北京大学创办了学生银行。学生银行设于北河沿北大第三院门楼，是带有学生实习性质的储蓄银行。马寅初从头至尾参加了学生银行的筹办，在创办之后又细心地给被推选为银行委员会的二十名学生辅导业务知识，并且参加他们的每次会议。马寅初是学生银行聘请的顾问，后又被推选为董事。他还与徐新六一起被推选为查帐员，定期检查学生银行的资金运用情况，并在《北京大学月刊》公布检查结果。至于学生银行的招股（每股一元），蔡元培和马寅初都是最积极的响应者，认购的股份也最多（蔡元培认购了50股，马寅初认购了20股，其他教授多是5－10股）。
1918年7月，北京大学学生成立消费公社，马寅初、罗惠侨、郑寿仁三位教授被推选为消费公社图书部的监理员，负责监督定价、进货、库存和帐目等事项。
1919年9月，北京大学设立高等补习学校，董事会由蒋梦麟、胡适、马寅初、沈尹默等人组成。在高等补习学校的三尺讲台，不时可以看到马寅初讲课的身影。
1919年12月，在马寅初的关心和指导下，北京大学学生组织的“北京大学经济学会”成立。马寅初参加了成立大会上，并发表演讲[ 演讲词原载《北京大学日刊》（1919年12月5日出版），后收入《马寅初全集》第一卷（杭州：浙江**出版社，1999年，第301－302页）。]。马寅初说：“诸君组织这个经济学会，是应当的事情，是大学生应该做的，而且是经济系的职务，兄弟是非常赞成的，很抱乐观的。……”1921年12月27日，马寅初在北京大学经济学会发表题为《上海一百四十个交易所》的演讲。
对于同事，马寅初也是深表关心，并且尽力帮助。
1919年9月，北京大学朱宗莱（朱蓬仙）教授因病逝世。9月25日，马寅初与蔡元培、刘文典、沈兼士、李大钊、马叙伦等20人联名发表启事，为朱宗莱教授的葬礼征集赙金。同年11月14日，马寅初又与蔡元培、马裕藻、马叙伦、朱希祖、钱玄同等10人联名发表启事，为北京大学康宝忠（康心孚）教授的葬礼征集赙金，并为遗孤教养之资[ 这两则“启事”，后均收入《马寅初全集》第一卷（杭州：浙江**出版社，1999年，第280、281页）。]。
1920年1月17日，北京大学杨昌济教授病逝于北京德国医院[ 杨昌济（1871－1920），字华生，又名怀中，湖南长沙板仓人。1918年春，杨昌济应蔡元培之聘，到北京大学任哲学、伦理学教授，举家迁往北京。杨昌济系杨开慧之父，毛**的岳父。]。1月22日，蔡元培、章士钊、杨度、陶履恭（陶孟和）、毛**、黎锦熙等29人（无马寅初）在《北京大学日刊》联名刊登“启事”，为杨昌济葬礼征集赙金，安抚遗属。1月23日，蔡元培又与胡适、马寅初、陶孟和等四人在《北京大学日刊》联名发表另外一份启事，向北京大学师生征集赙赠[ 两则“启事”原载《北京大学日刊》第521、522号（1920年1月22、23日出版），后收入《蔡元培全集》第三卷（北京：中华书局，1984年，第382－383页），《马寅初全集》则未见收录。许多关于马寅初的传记，均以为马寅初是第一次联合署名的29人之一，但仔细核对《蔡元培全集》第三卷（见上），未见马寅初之名。]。2月4日，北京大学评议会决定，“赠送两月俸金”，作为杨昌济家属的抚恤金。
中国人素来重视礼，注重将心比心的“礼尚往来”[ 《礼记·曲礼上》：“礼尚往来。往而不来，非礼也；来而不往，亦非礼也。”]。1919年3月22日，马寅初母亲因病去世（马寅初随后回乡治丧）。马寅初的北京大学同事沈尹默、胡适、蔡元培、徐宝璜、郑寿仁、朱希祖、张祖训七人，联名在《北京大学日刊》（1919年4月25日）发表启事，为马寅初遭母丧征集赙金。
为了集中精力从事教学和研究中国经济，马寅初于1920年1月15日辞去了北京大学教务长职务；在此前后，又一并辞去了法科经济门研究所主任和经济门、商学门主任（兼）之职，仅保留专任教授的身份。1920年6月15日，马寅初向北京大学请假一年，应邀去上海、杭州等地考察经济情况，并发表演讲。1922年冬，马寅初返回北京大学，继续从事教学和科研，并至保定、武昌、汉口、上海、杭州、厦门等地演讲，直至1927年离开北京大学。
北京大学时期的马寅初，正值风华正茂之年，兼之才华横溢，在经济学领域取得了丰硕的成果。
《北京大学月刊》是由北京大学出版的学术性刊物，创刊于1919年1月。蔡元培指定由五个研究所的主任轮流担任主编。马寅初作为经济门研究所的主任，曾经主编过《北京大学月刊》第一期和第十期。《北京大学月刊》的很多期，都有马寅初自己撰写的文章。如：
《银行之真诠》，《北京大学月刊》第1卷第1、3号，1919年1月、3月出版。
《中国之希望在于劳动者》，《北京大学月刊》第1卷第3号，1919年3月出版。
《战时之物价与货币》、《大战前欧美各国之不换货币与我国的金钞》，《北京大学月刊》第1卷第4号，1919年4月。
《不动产银行》，《北京大学月刊》第1卷第5号，1919年11月出版。
《有奖储蓄存款之害及其推算方法》，《北京大学月刊》第1卷第6号，1920年。
《〈格来森法则〉之研究》，《北京大学月刊》第1卷第7号，1920年。
《马寅初先生在北京大学经济学会讲演辞》，《北京大学月刊》第1卷第3号，1921年12月5日。
除此之外，马寅初又在《新青年》、《东方杂志》、《新闻报》、《申报》、《晨报》等报刊发表了一系列文章。如：
《计算人口的数学》，《新青年》第7卷第4期，1920年4月出版。
《中外信用制度之异同》，《新闻报》，1922年1月1日。
《中国之九大经济问题》，《东方杂志》第19卷第1号，1922年1月10日。
《中国国际贸易之真相》，《东方杂志》第19卷第10号，1922年5月25日。
《吾国滥铸银元之原因》，《新闻报》，1922年10月10日。
《我国经济界之三滥》[ 马寅初认为，中国经济界的“三滥”是滥发纸币、滥借内外债、滥铸铜元及辅币，“三滥的根本原因，实系军阀之祸。使军阀不去，财政无整理之望，金融无旺盛之期”。他呼吁各界，“顾我**，急起图之”。]，《晨报》“五周年纪念增刊”，1923年12月1日。
《上海之银洋并用问题》，《东方杂志》第21卷第6号，1924年1月。
《中国财政之根本问题》，《东方杂志》第21卷第3号，1924年2月10日。
《何以上海必须设立票据交换所》，《申报》，1924年4月6日。
《读第五届银联会议各案随抒我见》，1924年4月27日。
《价值论》，《东方杂志》第21卷第11号，1924年6月。
《利用外资的三种方法》，《中山文化教育馆季刊》第1卷第1号，1924年12月。
《抵制英日货贷，保护关税》、《不平等条约于我国经济上之影响》，《晨报》副刊《沪案特号》（二），1925年6月15日。
《世界经济恐慌如何影响及于中国与中国之对策》，《东方杂志》第22卷第13号，1925年7月。
《不平等条约于我国经济上之影响》，《东方杂志》第22卷第16号，1925年8月。
《汇丰银行》，《东方杂志》第22卷第18号，1925年9月25日。
《汇丰银行》，《东方杂志》第22卷第19号，1925年10月10日。
《银行之势力何以不如钱庄》，《东方杂志》第23卷第4号，1926年2月。
《中国历年入超之解释及其危险》，《东方杂志》第23卷第8号，1926年4月。
《中国之财政与金融》，《东方杂志》第23卷第21号，1926年11月。
《中日现行通商航海条约之研究》，《东方杂志》第23卷第23号，1926年12月。
《中国经济上之根本问题》，《东方杂志》第24卷第4号，1927年2月。
